Die Tiere können sehr gut tauchen (bleiben oft 5 Minuten unter Wasser), im Wasser ist der größte Teil des Körpers unter der Oberfläche, manchmal sieht man nur die Augen, die Ohren und die Nasenlöcher. Schwimmen können sie nicht so gut, gehen aber auch ins tiefe Wasser. Bei normaler Wassertiefe stehen und laufen sie auf dem Grund des Gewässers. Wenn sie nicht mehr beim Gehen die Nasenlöcher an die Wasseroberfläche bekommen, stellen sie sich dazu auf die Hinterbeine. In noch tieferem Wasser stoßen sie sich vom Boden ab und springen sozusagen an die Wasseroberfläche, holen Luft und lassen sich dann wieder nach unten sinken. Im Meerwasser können Flusspferde wahrscheinlich schwimmen. 

Im Wasser werden sie oft von "Fransenlippern" begleitet, das sind kleine Karpfenfische.

Flusspferde fressen Gras und andere Pflanzen, auch abgefallene Früchte. In einer Nacht können sie bis zu 40 kg Pflanzen fressen. Sie fressen die Ufervegetation (Pflanzen am Ufer) ab und düngen mit ihrem Kot (Mist) die Gewässer.

Wenn ein Flusspferd im Wasser Kot abgibt, sieht das lustig aus, denn es verrührt das Wasser danach mit seinem kurzen (35-40 cm) Schwanz wie mit einem Quirl.

Flusspferde bekommen alle zwei Jahre ein Junges, die Tragezeit dauert ungefähr 240 Tage. Das Kalb wird ein Jahr lang gesäugt.

Flusspferde leben in kleinen Herden (Gruppen) von etwa 15 Tieren, die von einem erwachsenen Flusspferdbullen angeführt werden.